В свое время профессор Исаев работал научным консультантом по теории и методике физического воспитания в Красноярске, Тюмени, Екатеринбурге, Белгороде. Создавал системы здравостроения в челябинских школах №№ 78, 118, 121, гимназии № 26, во Дворце пионеров и школьников имени Н.К. Крупской; руководил школой молодого исследователя и научным обществом учащихся. В течение 18 лет являлся членом комплексной научной группы спортивного комитета РФ (ранее СССР). Входил в диссертационный совет, созданный на базе Южно-Уральского государственного гуманитарно-педагогического университета. В качестве члена комплексной научной группы (КНГ) проводил научные исследования сборной СССР и РФ по самбо и дзюдо; учащихся и педагогов Ханты-Мансийского автономного округа, училища олимпийского резерва в Екатеринбурге и школы высшего спортивного мастерства в Тюмени.
Благодаря усилиям А.П. Исаева в вузе в 1989-м была организована аспирантура, а затем и докторантура по специальностям «Физиология спорта» и «Теория и методика физического воспитания, спортивной тренировки, оздоровительной и адаптивной физической культуры». С 1998 по 2013 год ученый заведовал кафедрой теории и методики физической культуры и спорта ИСТиС ЮУрГУ. В 1993–1997 годах занимал пост вице-президента Уральской олимпийской академии. Под его научным руководством защищена 71 кандидатская и докторская диссертация по медицинским, биологическим и педагогическим наукам.
Александр Петрович – автор более 550 публикаций: монографий, учебных пособий, статей, вышедших в РФ и за рубежом – в частности, в Испании и США, обладатель патентов на программы здравостроения, эффективные средства спортивной подготовки в различных направлениях. Создал авторскую программу валеологического просвещения учащихся 1–11-х классов; разработал концепцию социально-валеологических мотиваций, обеспечивающих единство духовного и физического развития. В течение последних десяти лет изучал проблемы акклиматизации в среднегорье, развития локально-региональной мышечной выносливости, индивидуализации спортивной подготовки. Одна из последних работ, написанных совместно с другими учеными, – книга Sport Training Individualization: State, Problems and Advanced Solutions.
Заслуженный деятель науки РФ, отличник физической культуры, член КНГ СССР и РФ (самбо, дзюдо 1978–2001) и Челябинской области (1983–2015), А.П. Исаев был членом президиумов областных федераций дзюдо (1997–2000) и самбо (1986–2006).
Александр Петрович – лауреат премии «Признание» ЮУрГУ 2011 года; был награжден благодарностью председателя Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, благодарностью областной федерации самбо, дипломом Уральского межрегионального конкурса «Универсальная книга», грамотой комитета национальных и неолимпийских видов спорта России, почетной грамотой ЮУрГУ.
В последние годы профессор А.П. Исаев занимал ведущее место в рейтинге российских ученых, работающих в области спортивной науки.